El Jardín Botánico de Santiago, Profesor Eugenio de Jesús Marcano Fondeur es comanejado por un Consejo de Administración y Comanejo, creado mediante el  Decreto No.  217-17, del  26 de junio de 2017 y al día de hoy se encuentra bajo el amparo de la Ley No. 122-05 sobre Asociaciones sin Fines de Lucro. La Asamblea General del Consejo de Administración del Jardín Botánico está compuesta por una Junta Directiva presidida por Juan Arias Fuentes, Director de la Universidad Autónoma de Santo Domingo (Recinto Santiago); Nelson Bautista, Secretario del Consejo; Martín Almonte, de la Fundación Saltadero es el Tesorero; Paíno Henríquez, Ministro de Medio Ambiente; Pedro Suárez Nolasco, del Jardín Botánico Nacional; Rosa Santos, Gobernadora Provincial; Daniel Rivera, Senador; Ulises Rodríguez, Alcalde de Santiago; Miguel Colomé, Director Distrital de San Francisco de Jacagua; Eduardo Rodríguez, de SOECI; Francisco Domínguez Brito, José Tavárez Henríquez, y Genaro Rodríguez Martínez.

Forman parte de la Asamblea rectora del Jardín instituciones como la APEDI, el CDES, INFOTEP y las universidades ISA, PUCMM, UAPA, UTESA, O&M, y UNEV, además de los diputados Mateo Espaillat, Braulio Espinal y Shoraya Suárez, así como los munícipes Radhames García y María Isabel Serrano.

Entre las funciones que tiene así cargo el Consejo están velar por la continuidad en la ejecución del Plan Maestro de construcción del Jardín botánico, gestionar y ejecutar el resarcimiento de los propietarios legales afectados por la construcción del Jardín, administrar los fondos que se reciben del gobierno central y otras instituciones, aprobar el plan operativo anual, pautar y supervisar el desempeño de los ejecutivos y obreros asignados al Jardín, representar la institución ante terceros y en justicia así como gestionar los acuerdos de cooperación interinstitucionales que se consideren convenientes para la eficiente evolución del proyecto.

Para el desempeño cotidiano y la operatividad del proyecto, se cuenta con una plantilla de profesionales, técnicos y jornaleros que tienen a su cargo la ejecución de los planes de trabajo, mantenimiento y seguridad de los espacios, tareas administrativas, educativas, formativas y de construcción.

El equipo operativo se reporta al Consejo, a través del secretario del mismo, con quienes se coordinan los diferentes aspectos que tienen que ver con el cumplimiento del POA y los ajustes que fueran necesario hacer en el proceso de implementación.