El Consejo del Parque Botánico de Santiago fue creado mediante el decreto 540-11, del 30 de agosto de 2011 y luego modificado el 26 de junio de 2017 mediante el  Decreto 217-17 que amplió el Consejo de Administración y Comanejo del Jardín Botánico de Santiago Prof. Eugenio de Jesús Marcano Fondeur, que quedó integrado por la Universidad Autónoma de Santo Domingo, recinto Santiago, que lo preside. También por el Ministerio de Medio Ambiente, la Sociedad Ecológica del Cibao, el Jardín Botánico Nacional, la Alcaldía de Santiago, la Gobernación Provincial, la Senaduría de Santiago, la Fundación Saltadero para el Rescate del Río Jacagua,el director municipal de San Francisco de Jacagua y en representación de la sociedad civil, los munícipes Francisco  Domínguez Brito y Nelson Arturo Bautista.

Las posiciones en el Consejo tienen carácter honorífico (o sea, sus miembros no reciben remuneración alguna) y está presidido por el Lic. José Tavárez H. en su  calidad de Director General del Recinto Uasd Santiago y las funciones de Secretario Ejecutivo están a cargo de Nelson Bautista, quien además funge como enlace entre el Consejo y la administración operativa del Jardín Botánico.

En la actualidad las personalidades que lo integran son: El Lic. José Tavárez H., Director del Recinto Santiago de La Universidad Autónoma de Santo Domingo, que lo preside, el Ing. Angel Estévez, Ministro de Medio Ambiente y Recursos Naturales, Mayvelin Consuegra, presidente de la Sociedad Ecológica del Cibao, Inc. (SOECI),  El Lic. Ricardo García, Director del Jardín Botánico Nacional, El Lic. Abel Martínez Durán, Alcalde de Santiago, La Lic. Ana María Domínguez, Gobernadora Provincial, el Lic. Julio César Valentín, Senador por Santiago, el Lic. Francisco Castellanos por la Fundación Saltadero, el Sr. William Ventura, Director Municipal de San Francisco de Jacagua, además del Lic. Francisco Domínguez Brito y Ambientalista Nelson A. Bautista. El Pasado Presidente es el Dr. Genaro Rodríguez Martínez.

Como iniciativa del Consejo, se acordó en octubre de 2019 tramitar la ampliación del Consejo para incorporar otras instituciones como la Pontificia Universidad Católica Madre y Maestra, la Universidad Tecnológica De Santiago y La Universidad Abierta para Adultos.

Entre las funciones que tiene así cargo el Consejo están velar por la continuidad en la ejecución del Plan Maestro de construcción del Jardín botánico, gestionar y ejecutar el resarcimiento de los propietarios legales afectados por la construcción del Jardín, administrar los fondos que se reciben del gobierno central y otras instituciones, supervisar el desempeño de los ejecutivos y obreros asignados al Jardin, representar la institución ante terceros y en justicia así como gestionar los acuerdos de cooperación interinstitucionales que se consideren convenientes para la eficiente evolución del proyecto.